Le paysage maritime sur la Réserve Naturelle de la baie de l'Aiguillon s'organise autour de 4 grands types de milieux :

• Le marais maritime : paysage d'immensité avec ces vasières et ces prés salés.
• Les rives de la Sèvre Niortaise : entre eau douce et eau salé.
• Les dunes : paysage peu commun en baie et limité à la pointe de l'Aiguillon.
• Les cordons de galets : entre la pointe St-Clément et la pointe de la Pelle.

Le marais maritime est de loin le milieu qui prédomine sur la réserve naturelle. On distingue deux niveaux : la vasière (3700 ha au sein de la réserve mais s'étendant au delà) et le pré salé (1100 ha).

La vasière est une zone constituée de vase molle dont la plus grande partie est inondée à chaque marée. Formée à partir de sédiments fins apportés par la mer et les fleuves, la vasière est dépourvue de végétation. Elle abrite cependant une intense production d'algues microscopiques (phytoplancton), ressource alimentaire de base pour tout un réseau trophique constitué de mollusques, de crustacés et de vers marins, eux-mêmes source de nourriture abondante pour les oiseaux d'eau à marée basse ou pour les poissons à marée haute.

Contrairement à la vasière, les prés salés sont inondés beaucoup moins régulièrement (coefficients > 80) et on y trouve une vase plus dure, colonisée par de nombreux végétaux adaptés à une forte salinité et à des conditions relativement asphyxiantes. Dans leur partie supérieure, les prés salés de la réserve naturelle sont limités par des digues séparant les prés salés des polders agricoles. Les prés salés servent de zone de repos pour les oiseaux en hivernage mais aussi de zone d'alimentation pour les oiseaux herbivores.

Avec 1100 ha de prés salés, la Réserve Naturelle de la Baie de l'Aiguillon représente au niveau national environ 10 % d'un milieu pouvant être considéré comme rare et remarquable.

Les roselières de la Sèvre niortaise, les formations dunaires de la pointe de l'Aiguillon et le cordon de galets du secteur de Coup de vagues apportent une diversité paysagère et écologique à l'ensemble.

Ce patrimoine paysager qu'offre la baie de l'Aiguillon, assure ainsi des fonctions écologiques primordiales pour la faune sauvage : zone d'alimentation, de repos, de refuge, de reproduction et de migration. Mais le marais maritime assure encore bien des fonctions au-delà des limites mêmes de la réserve : il fertilise les eaux côtières et constitue une zone de frayère et de nourriceries pour de nombreux poissons côtiers, de ce fait la baie de l'Aiguillon représente un enjeux fondamental pour la pêche dans les pertuis charentais ; il limite l'action érosive de la mer (consolidation du rivage), il permet d'améliorer la qualité des eaux grâce à sa capacité d'épuration ou bien encore de développer des activités économiques par ses ressources agricoles et conchylicoles.

De ce fait, on peut observer des pratiques agricoles traditionnelles sur la Réserve Naturelle de la Baie de l'Aiguillon. Elles concernent principalement la fauche estivale des prairies à Puccinellie maritime (appelés localement mizottes), qui se déroule entre le 1er juin et le 30 août. La Puccinellie maritime est un fourrage de qualité recherchée notamment pour sa teneur en iode et autres sels minéraux, très apprécié par le bétail.

Les cultures marines ne sont pas en reste car la baie de l'Aiguillon est célèbre pour ses exploitations mytilicoles (culture des moules) et dans une moindre mesure ostréicoles (culture des huîtres). On retrouve donc sur la réserve un élevage traditionnel de moules sur bouchots, mais qui de plus en plus glisse vers le large du fait de l'envasement de la baie. Ainsi, avec une production de 7 à 10 000 tonnes par an, la baie de l'Aiguillon et le pertuis breton apportent 15 à 20 % de la production mytilicole nationale.