Située entièrement en zone intertidale (zone de balancement des marées), les interventions humaines sur un tel site sont forcément limitées sauf à bouleverser complètement son fonctionnement. Cependant, un certain nombre d'actions sont menées, relatives notamment à la gestion des prés salés.

Le principal mode de gestion et d'entretien est la fauche des prairies à Puccinellie maritime (appelés localement mizottes), qui se déroule entre le 1er juin et le 30 août. Cette graminée, typique de ces milieux, constitue un fourrage de qualité pour le bétail. Malheureusement, en raison de l'évolution de la politique agricole, l'élevage bovin a régressé dans le Marais Poitevin entraînant une diminution de l'exploitation des prés salés de la baie de l'Aiguillon.

Parallèlement à l'intérêt agricole, la fauche contribue au maintien et au développement de grandes prairies à Puccinellie, créant par la même occasion des zones d'accueil et d'alimentation favorables aux anatidés herbivores en hivernage (Oie cendrée, Bernache cravant, Canard siffleur) et à la reproduction de certaines espèces (Alouette des champs, un petit criquet -l'Oedipode des salines- …). Ainsi, les effectifs d'oies cendrées ont connu ces dernières années une augmentation spectaculaire permise par la qualité des habitats entretenus par la fauche.

C'est pourquoi la Réserve Naturelle de la Baie de l'Aiguillon souhaite contribuer à la valorisation des prés salés et à une reprise de l'activité agricole en adéquation avec les besoins du milieu. S'est ainsi créé un groupe de travail associant les exploitants, les représentants de la profession agricole (Chambres d'agriculture, Adasea), la fédération des chasseurs de Vendée (gestionnaire des mizottes de Triaize) et les communes concernées afin de réfléchir à la pérennisation de la gestion des mizottes et à la mise en place de mesures agri-environnementales.

Accessoirement, il existe encore un peu de pâturage ovin et bovin sur les rives de la Sèvre niortaise.

Cependant, il ne s'agit pas de créer une " monoculture " de Puccinellie et la moitié des mizottes sont laissées sans intervention afin de maintenir une dynamique naturelle des prés salés, favorable notamment aux habitats à Obione, ressource alimentaire pour de nombreuses espèces marines à marée haute ou zone de nidification pour certaines espèces de passereaux.